Grâce à son caractère saisonnier, qui lui permet d’infecter de nouvelles victimes chaque année, le virus de la grippe – et, en particulier, le type A, le plus fréquent et celui à l’origine des souches épidémiques H5N1 et H1N1, mute continuellement. Cette mutation est causée par des modifications ou des erreurs génétiques lors de la reproduction et de la multiplication du virus dans notre corps. Pour la proie du virus, elle peut entraîner des changements immunitaires très graves, ou au contraire, sans gravité. Parfois, ces changements transforment tellement certaines protéines virales qu’elles ne sont plus reconnues par nos anti-corps et n’enclenchent pas de réponse immunitaire adéquate. C’est là qu’intervient l’utilité d’une vaccination régulière, qui s’adapte en fonction des mutations importantes du virus. D’après les premières analyses scientifiques, le coronavirus SRAS-CoV-2, responsable de l’épidémie actuelle de pneumonie virale appelée COVID-19, ne montre pas un taux de mutation aussi élevé que la grippe. Cependant, depuis le début de l’épidémie à la fin du mois de décembre 2019, il se divise déjà en deux souches.
Dans une récente étude publiée dans National Science Review, des chercheurs chinois ont passés en revue le génome de 103 échantillons du virus et les ont comparé à d’autres coronavirus similaires, retrouvés chez des espèces de chauve-souris ou le pangolin. Ils ont d’abord constaté que le coronavirus SRAS-CoV-2 humain présentait en moyenne entre 4% et 17% de différences avec ses équivalents animaux. Selon les biologistes, cette variabilité serait due à une ou plusieurs mutations sur ses récepteurs, des protéines de surface qui permettent au coronavirus d’infecter ses cellules cibles. A mesure qu’il a infecté de plus en plus d’être humains, ce dernier s’est en quelque sorte mieux adapté à nos cellules pulmonaires, pour mieux les infecter et s’y multiplier. Par conséquent, les scientifiques ont ensuite découvert que le coronavirus SRAS-Cov-2 se déclinait selon deux souches. La type S serait la souche la plus ancienne, celle apparue à Wuhan au début de l’épidémie et héritée d’une transmission animale. Elle ne concerne aujourd’hui pas plus de 30% des virus détectés dans le cadre de l’épidémie de COVID-19. 70% des virus restants proviennent d’une nouvelle souche, la type L. Celle-ci serait plus virulente, car issue de mutations sélectionnées spécifiquement pour infecter l’être humain.
Si elle est plus fréquente que la type S, la type L serait de moins en moins répandue en Chine depuis janvier 2020 – grâce aux mesures de confinement de son gouvernement. Elle est néanmoins celle qu’affronte probablement des pays comme l’Italie ou la Corée du Sud, actuellement. Du fait de sa présence majoritaire, elle est aussi très certainement celle que ciblent les “candidats-vaccins” très prochainement à l’essai. Ainsi, comme le souligne Sciences Et Avenir, alors que le monde combat la souche L, la souche S pourrait reprendre du terrain et nous jouer un mauvais tour. Entre temps, le coronavirus peut continuer de développer d’autres mutations. L’association américaine GISAID, qui recense toutes les mutations du virus de la grippe, s’est donnée pour but de recenser toutes les variantes de coronavirus SRAS-CoV-2 détectées depuis le mois de décembre 2019. Leur nombre est déjà impressionnant, bien que la plupart ne modifie pas le comportement du virus. Toutes les mutations sont visibles, par lieu de détection, sur sa plate-forme NextStrain.
L’Institut national américain des allergies et des maladies infectieuses (NIAID) a partagé plusieurs clichés du coronavirus SRAS-CoV-2, isolé ou en action contre les cellules pulmonaires, pris par microscopie électronique puis colorisés. Les images sont toutes disponibles sur Flickr :
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Bonjour c’est nextStrain 🙂