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Une centaine d’études scientifiques remises en question par la découverte d’un bug informatique

Des chercheurs hawaïens ont dévoilé puis corrigé une erreur dans le code d’un logiciel utilisé en chimie depuis 2014.

Un glitch dans la matrice et tout est faussé ! Une équipe de chimistes, chercheurs à l’université d’Hawaï, examinait récemment des cultures de cyanobactéries (ou « algues bleus ») afin de trouver des composés capables de lutter contre le cancer. Au moment de vérifier la composition d’échantillons grâce à un programme codé en Python, elle s’est aperçue qu’elle variait de manière significative selon l’OS utilisé. De quoi fausser radicalement les résultats selon que l’équipe employait, par exemple, la version Windows ou Linux. « L’erreur était très subtile, affirme à Vice le professeur Philip Williams, directeur de cette dernière. Nous pensions tous qu’un logiciel informatique ne produirait que des réponses correctes ». Les chercheurs ont récemment publié leurs trouvailles relatives au bug et à sa correction dans la revue Organic Letters.

Ils révèlent notamment que le script – dont le logiciel se sert pour faire fonctionner n’importe quel appareil de spectroscopie à résonance magnétique nucléaire – date de 2014. « Cette simple erreur de code remet en question les conclusions d’un grand nombre de publications concernant une large variété de sujets dont la majorité ne mentionne même pas avec quel OS le programme a été exploité, déclarent les chercheurs dans leur article. Les auteurs de ces recherches devraient re-vérifier tous leurs résultats puis repenser leurs conclusions en utilisant la version corrigée ». Depuis la mise à disposition du script d’origine dans un article publié sur Nature Protocols, 158 études scientifiques l’ont cité et s’en sont donc certainement servies. Mais milles personnes y ont eu potentiellement accès, rapporte Vice. Il s’agit du reste d’un chiffre établi à partir des données de Nature Protocols uniquement. Malgré les implications d’une telle erreur, l’un des auteurs américains de la publication de 2014 salue la correction apportée aujourd’hui par ses confrères hawaïens : « ils ont rendu un service immense à la communauté scientifique pour avoir cerné et résolu ce problème ».

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11 commentaires
  1. C’est bien gentil comme article, mais vous ne précisez pas au final si l’erreur était sous windows ou GNU/Linux, puisqu’apparemment, l’un des deux faisait correctement son boulot…

    1. Pour “une fois”, c’est le système basé Linux qui foutait la ***** 😉  => “However, in LINUX there is no default sorting of file names because this depends on the local settings, and the scripts, as designed, do not check that the frequency and the NMR files are properly  matched. As a result, the free energies could be paired with chemical shifts from different conformers (Figure 2A), which leads to incorrectly calculated chemical shifts that could
      surely lead to a wrong final conclusion.”  (dernier § de la page 3 de l’étude)

      1. Linux ne fout pas la grouille, il ne trie pas les fichiers par défaut : c’est évidemment au développeur du code de trier ses données, pas d’escompter que l’OS va le faire pour lui…

    1. Ouai, mais apparemment  Mac OS n’est pas utilisé pour les calculs  scientifiques on se demande bien pourquoi?

      1. En apparence non mais en réalité oui… Sinon, “le script – dont le logiciel se sert pour faire fonctionner n’importe
        quel appareil de spectroscopie à résonance magnétique nucléaire” est erroné. Le script a été conçu comme outil logiciel additionnel à la RMN pour affiner la détermination structurale des composés isolés ; la RMN ne permettant pas la détermination structurale complète.

  2. Reste plus qu’à trouver le bug dans le software qui gère la base de donné climatique mondiale.
    Une fois trouvé, les scientifiques devront revoir leurs prévisions catastrophique sur le réchauffement.

  3. vous auriez pu mettre une image avec du python au moins, ça fait pas super sérieux de parler d’un logiciel scientifique en python avec une image de code de page web mal coder dans un mélange de HTML et Php

      1. a n’empêche que ce n’est pas du python.
        C’est comme faire un article sur Porsche mais mettre une Lambo en image, aucun rapport.

Les commentaires sont fermés.

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